Desde principios de enero de 1871, Buenos Aires estuvo bajo la amenaza de la fiebre amarilla, con una elevada mortalidad sobre todo en los barrios más populosos. Los primeros casos se produjeron en San Telmo, y desde los inquilinatos del sur de la ciudad, la fiebre se dispersó al resto de la urbe.

En febrero se produjo el pánico: más de 130 mil porteños huyeron de la muerte para, al retornar, encontrar sus casas vacías o saqueadas. A pesar de las continuas declaraciones de calma a la población y de las medidas iniciales para aislar los barrios afectados en el mes de marzo, las muertes semanales fueron de entre 400 y 500 personas.

La desesperación sobre el accionar del Consejo de Higiene, con cuarentenas y escasas medidas eficaces, y el éxodo general de muchos médicos que huyeron como el resto, llevaron a la indignación popular.

Para coordinar las acciones contra la epidemia, quedaron al mando de todas las comisiones los médicos Héctor F. Varela, Mariano Billinghurst, Emilio Onrubia y Matías Behety , encabezados por José Roque Pérez, de quien se  conmemoran  los 150 años de su fallecimiento el 24 de marzo de 1871, como consecuencia de su abnegada gestión en la epidemia.